Du könntest versuchen, mit den sprichwörtlichen "Samthandschuhen" einen Teil der vorderen RG-Hälfte freizugraben, um einen Blick ins Innere werfen zu können...
Ebenfalls eine Möglichkeit: Nachts auf die Lauer legen, da kleine Kolonien oftmals eher im Schutz der Dunkelheit unterwegs sind. Allerdings braucht eine so kleine Kolonie auch nur sehr wenig Futter. Auf der anderen Seite sollte die Kolonie eigtl schon deutlich größer sein...
Eventuell haben die Kleinen die Futterquellen auch noch nicht gefunden. Die Pygmäen trauen sich meist nur wenige cm aus dem RG. Sollten sie die Futterquellen tatsächlich nicht kennen, wäre das auch eine mögliche Erklärung für die gerine Anzahl, da sie dann von der Königin mitversorgt werden müssten....
Wo genau liegt denn das RG vergraben? Kann auch den Bildern keinen Ausgang erkennen... Vermute mal, das RG liegt quer neben der Pflanze? Sieht in dem vorletzten Bild so aus, als wäre der Boden dort "anders"....

Meine Empfehlung im Generellen: Das Futter (Proteine & Zucker/Honig) direkt am RG-Eingang anbieten und entsprechend erneuern... Bei den Mückenlarven könntest du dir auch die Ausrichtung merken, in der sie gelegen haben, dann kannst du evtl erkennen, ob sie daran herzumgezerrt haben... ^^